Όταν το 1182 επί αυτοκρατορίας του Αλεξίου του Β’ του Κομνηνού οι Κρήτες αρνήθηκαν να πληρώσουν τους φόρους για το Βασιλικό ταμείο ο αυτοκράτορας για να λήξει την στάση απέστειλε στην Κρήτη το γιο του Ησαάκιο Άγγελο με 12 ευγενών αρχοντόπουλα σαν αρχηγό του στόλου με 100 πλοία μαζί με τον τοποτηρητή του Κωνσταντίνο Δούκα. Οι Κρήτες βλέποντας τις διαθέσεις αλλά και την δύναμη του αυτοκράτορα δεν προέβαλαν καμιά αντίσταση και προσήλθαν για να δηλώσουν υποταγή, στη συνέχεια ο τοποτηρητής διένειμε την Κρήτη σε δώδεκα ίσα μέρη, όσα και τα αρχοντόπουλα, και τους ανέθεσε τη διοίκηση του νησιού. Όλοι εκείνοι οι Ευγενείς συνοδεύονταν από τα μέλη της οικογένειας τους αλλά και πολλούς άλλους υποταγμένους στην υπηρεσία τους αφού η Κρήτη λόγο της μεγάλης περιόδου της Αραβικής κυριαρχίας είχε ελαττωθεί πληθυσμιακά και η ανάγκη σε εργάτες και λοιπό ανθρώπινο εργατικό δυναμικό ήταν μεγάλη, πλέον της ανάγκης να υπάρχουν άνθρωποι που να αναλάβουν την οικονομική διαχείριση της νήσου.Μέσα από διάταγμα του ο Δούκας Κωνσταντίνος χωρίζει την περιοχή της Κρήτης σε τρεις επαρχίες και τις διανέμει στους δώδεκα ευγενείς. Οι τρεις αυτές περιοχές είναι τα Χανιά, το Ρέθυμνο και ο Χάνδακας. Πουθενά δεν κάνει αναφορές για το νομό Λασιθίου. Ο Αγγελάκης αναφέρει ότι κατά πάσα πιθανότητα τις περιοχές αυτές κατείχαν απόγονοι του Νικηφόρου Φωκά από παλαιότερη εγκατάσταση. Βέβαια με την πάροδο του χρόνου απόγονοι των ευγενών εγκαταστάθηκαν ανατολικότερα κι έτσι μέχρι σήμερα στη Σητεία έχουμε δύο οικισμούς που φέρουν τα ονόματα των δώδεκα αρχόντων τις Λιθίνες και το Σκορδύλο.
Για τους Σκορδύλιδες, λοιπόν, γνωρίζουμε τα στοιχεία εκείνα που μας έδωσαν το όνομα του χωριού και συγκεκριμένα ότι γενάρχης των Σκορδύλιδων ήταν ο Μαρίνος Σκορδύλης ένας από τους επιφανέστερους αριστοκρατών της αυτοκρατορίας και ανεψιός του αυτοκράτορα Αλεξίου του Α’ Κομνηνού. Πατέρας εννέα γιων με πολλά παρακλάδια. Οι Πάτεροι, οι Καψωκαλύβαι, οι Λογγίνοι, οι Κυριακόπουλοι, οι Σαρακηνοί, οι Λιγνοί, οι Φιλοκάλοι, οι Μεραφάδες, οι Παπαδόπουλοι, οι Κόντες, οι Φούμηδες, οι Λουμπίνοι, οι Σεβαστοί, οι Τραχινοί, οι Νομικοί, οι Βασιλόπουλοι, οι Πεζουλόπουλοι καί οι Βουρδουμπάδες. Πιθανότερο από τα παρακλάδια που δημιούργησαν το Σκορδύλο να είναι εκείνο των Σαρακηνών και τούτο μπορεί να δίδεται σαν ερμηνεία από τον παρακείμενο στο χωριό βουνό Σαρακίνα που είναι συνέχεια του βουνού της Κεφάλας και των ορέων της Σητείας γενικότερα. Πληροφορίες που έχουμε για την οικογένεια των Σκορδίλων κατά την Ενετοκρατία είναι σχετικές με τη μαρτυρία ότι ζούσαν στο Λασίθι από τα πρώτα χρόνια της ενετοκρατίας και ειδικά οι πρόκριτοι αδελφοί Ιωάννης και Κωνσταντίνος Σκορδίλης υποκίνησαν το 1217 την πρώτη επανάσταση κατά των ενετών κατακτητών, ο δε Κωνσταντίνος, ηγούμενος σώματος ενόπλων έδωσε σκληρή μάχη κατά των ενετών στην οποία όμως κατατροπώθηκε. Παρά την ήττα του δεν έπαψε να πολεμά μέχρι το 1219 οπότε και συνθηκολόγησε με τους ενετούς για να λάβει απ’ αυτούς πλούσια κτήματα στην περιοχή του Ρεθύμνου και συγκεκριμένα στην τοποθεσία Ρύακα Μουσέλλα. 
Το 1228 ο Κωνσταντίνος ξεκινά νέα επανάσταση την οποία σταματά το 1234 μετά την παραχώρηση νέων κτημάτων παρά των ενετών παρά τον ρύακα Πετρέ. Οι Σκορδύλοι συμμετείχαν επίσης στην επανάσταση του 1283-1299 με τους αδελφούς Χορτάτζα, αλλά και στη σύντομη επανάσταση του 1462 του οποίου μετά την καταστολή του από τους ενετούς συνέχισαν να μάχονται στα βουνά μέχρι το 1473 οπότε και συνελήφθη ο αρχηγός των Σκορδίλων και απαγχονίστηκε. Πρωτοστάτησαν στην επανάσταση του 1570 με αρχηγό το Σκορδύλη- Κανταναλέο. Στη συνέχεια διαβλέποντες τον κίνδυνο των Τούρκων συμμάχησαν με τους πρώην εχθρούς τους ενετούς στον κοινό αγώνα κατά των τουρκικών επιθέσεων ως το 1645 και μέχρι το τέλος της πολιορκίας του Χανδακα το 1669. Τότε πολλοί των Σκορδίλων έφυγαν από την Κρήτη και πήγαν στην Κέρκυρα για να δημιουργήσουν εκεί την οικογένεια των Βαλβή- Σκορδίλη. Όσοι έμεινα στην Κρήτη αποσύρθηκαν στα ορεινά μέρη, έτσι εξηγείται και η θέση του σημερινού Σκορδύλου, και εξακολούθησαν τον αγώνα κατά των κατακτητών με διάφορα ονόματα. Σημαντική είναι η ανάμιξη τους στην επανάσταση του 1770 στην περιοχή των Σφακίων με σημαντικότερο το Γεώργιο Σκορδίλη από το χωριό Μουρί, αλλά και στη συνέχεια στην επανάσταση του 1821-1830 από το ίδιο χωριό δύο ιερείς οι Γεώργιος και Ιωάννης, πατέρας και γιος αντίστοιχα. Στην ίδια επανάσταση έλαβε μέρος και ο Νικόλαος Σκορδίλης (1380), ο οποίος διατέλεσε μέλος της τετραμελούς επιτροπής εξωτερικών υποθέσεων.
